W zasięgu Nadleśnictwa Kudypy znajdują się Obszary Natura 2000 stanowią 40 proc. gruntów w zarządzie Lasów Państwowych, zajmują ponad 2,8 mln ha. częściowo lub w całości cztery obszary europejskiej sieci Ekologicznej Natura 2000. Są to: obszar objęty ochroną w ramach Dyrektywy Ptasiej, a mianowicie PLB280002 – Dolina Pasłeki oraz trzy obszary objęte ochroną w ramach Dyrektywy Siedliskowej PLH280006 – Rzeka Pasłęka, PLH280033-Warmińskie Buczyny i PLH280039 – Jonkowo-Warkały.
 

Dolina Pasłęki (PLB280002) obszar specjalnej ochrony ptaków (OSOP) o powierzchni 20 669,89 ha, w zasięgu nadleśnictwa Kudypy zajmuje 6296.09 ha po wschodniej stronie rzeki Pasłęki. Obszar jest miejscem występowania 23 gatunków ptaków z Załącznika II Dyrektywy Ptasiej i 9 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt. W okresie lęgowym obszar zasiedla, co najmniej 1% populacji krajowej orlika krzykliwego, kani czarnej, derkacza i zimorodka. Oprócz tego w dość dużym zagęszczeniu występują: bąk, bocian biały, bocian czarny, błotniak stawowy i rybitwa czarna. Z 23 gatunków ptaków wymienionych w standardowym formularzu danych dla „Doliny Pasłęki" w zasięgu Nadleśnictwa Kudypy stwierdzono występowanie 16 gatunków. Celem powołania obszaru jest ochrona ostoi ptasiej o randze europejskiej).

Rzeka Pasłęka (PLH280006) - specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 8418,50 ha, w zasięgu Nadleśnictwa Kudypy zajmuje powierzchnię 1598.96ha. Z doliną rzeki związanych jest 12 siedlisk wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Siedliskowej,
w tym siedliska priorytetowe takie jak: łęgi wierzbowe, olszowe i jesionowe, źródliskowe lasy olszowe na niżu. Położenie, układ przestrzenny i zasięg ostoi umożliwia jej pełnienie kluczowego korytarza ekologicznego. Celem powołania obszaru jest utrzymanie siedlisk fauny wodnej (szczególnie skójki gruboskorupowej), utrzymanie bogatego zespołu ryb związanych z rzeką, utrzymanie płazów zasiedlających zbiorniki dolinne oraz ochrona korytarza ekologicznego, który zapewnia ciągłość bytowania gatunków od centrum regionu w kierunku wybrzeża Bałtyku.
    Z gatunków wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Rady 92/43/EWG na terenie obszaru występują ssaki: bóbr (Castor fiber), wydra (Lutra lutra), płazy: traszka grzebieniasta (Triturus cristatus), kumak nizinny (Bombina bombina),ryby: minóg morski (Petromyzon marinus), minóg strumieniowy (Lampetra planeri), minóg rzeczny (Lampetra fluviatilis), boleń (Aspius aspius), różanka (Rhodeus sericeus), piskorz (Misgurnus fossilis), koza (Cobitis taenia), głowacz białopłetwy (Cottus gobio).

Warmińskie Buczyny (PLH280033) specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 1525,90 ha. W skład obszaru wchodzą trzy odrębne enklawy, znajdujące się w całości
 w zasięgu działania Nadleśnictwa Kudypy Na terenie „Warmińskich Buczyn" występuje 7 siedlisk ujętych w Załączniku I Dyrektywy Siedliskowej, wśród nich obecne są również siedliska priorytetowe (łęgi wierzbowe, olszowe i jesionowe, źródliskowe lasy olszowe na niżu czy torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą). Podstawowym celem powołania obszaru jest ochrona płatów żyznej i kwaśnej buczyny pomorskiej, na jej wschodnim zasięgu występowania
w Europie jak i ochrona pozostałych siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej oraz ochrona gatunków z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. SOOS „Warmińskie Buczyny" jest ostoją takich gatunków jak: bóbr (Castor fiber), wydra (Lutra lutra), czerwończyk nieparek (Lycaena dispar), kumak nizinny (Bombina bombina) oraz 8 gatunków nietoperzy.

Jonkowo-Warkały (PLH280039) specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 226,60 ha w całości znajduje się w zasięgu działania Nadleśnictwa Kudypy. W Jonkowie-Warkałach występuje 5 siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej, z czego,
z siedlisk priorytetowych, są to bory i lasy bagienne oraz suche, śródlądowe murawy napiaskowe. Zasadniczym celem ochrony jest zachowanie obecnego charakteru obszaru (występowanie wszystkich trzech rodzajów torfowisk: wysokich przejściowych i niskich), utrzymanie szaty roślinnej oraz stanowisk roślin i zwierząt.
Z gatunków wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Rady 92/43/EWG na terenie obszaru występują 5 gatunków: bóbr (Castor fiber),traszka grzebieniasta (Triturus cristatus), kumak nizinny (Bombina bombina), czerwończyk nieparek (Lycaena dispar) i zalotka większa (Leucorrhinia pectoralis).