Lasy położone są w I Krainie (Bałtyckiej) w dzielnicy 8 (Pojezierza Iławsko – Brodnickiego) oraz w II Krainie ( Mazursko – Podlaskiej) w dzielnicach 1 (Pojezierza Mazurskiego) i 2 (Równiny Mazurskiej).

Teren Nadleśnictwa leży nad obszarem dorzeczy rzeki Łyna oraz Pasłęki. Znajduje się tam także kilka dużych jezior takich jak: Ukiel, Wulpińskie, Rentyńskie, Limajno. Klimat wg A. Wosia został zaliczony do regionu zachodniomazurskiego. Znajduje się on pod wpływem klimatu kontynentalnego co oznacza dość krótkie lato i długą śnieżną zimę. Pokrywa śnieżna zalega od 70 do 90 dni. Okres wegetacji roślin trwa około 190 – 200 dni. Suma średnich rocznych opadów wynosi około 600 – 650 mm. Średnia wilgotność oscyluje około 82%, natomiast średnia temperatura powietrza około 7,5◦C. Charakterystycznym elementem tego obszaru jest to że okres wczesnowiosenny objawia się niedoborem opadów, co niekorzystnie wpływa na warunki rozwoju i upraw leśnych. Wiatry wieją najczęściej z kierunku zachodniego, wiosna natomiast z kierunku wschodniego.

Dominującym typem siedliskowym w nadleśnictwie jest LMśw (38.77%) oraz Lśw (26,37%), co będzie miało duży wpływ na udział występujących gatunków. Siedliska borowe, wskazujące na dominującą rolę sosny tworzeniu drzewostanów, zajmują jedynie 27,66% powierzchni leśnej nadleśnictwa.

Drzewostany w Nadleśnictwie Kudypy nie są mocno zróżnicowane. Głównym gatunkiem lasotwórczym jest sosna zajmująca 66,64% powierzchni. Razem z innymi gatunkami iglastymi (świerk, modrzew) zajmują 73,02% powierzchni leśnej. Gatunki liściaste (buk, brzoza, dąb, olcha, jesion i inne) zajmują 26,98% powierzchni.