Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

•     biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
•     abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
•     antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).
   

Zagrożenia biotyczne

 4000 ha powierzchni leśnej Nadleśnictwa Kudypy, stanowią drzewostany na gruntach porolnych. Zagrożone są one przez opieńkę oraz hubę korzeniową. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się tych patogenów stosowane są metody biologiczne (zabezpieczanie pniaków preparatem PG IBL – Phlebia gigantea).

W ochronie lasu przed owadami na terenie Nadleśnictwa Kudypy istotne znaczenie ma ochrona upraw drzew iglastych (sosna, świerk) przed ryjkowcami, a szczególnie szeliniakiem sosnowcem. Stosujemy różne metody: mechaniczne, np. okopanie uprawy rowkiem izolacyjnym, wykopanie na takiej uprawie dołków chwytnych, do których dodatkowo wkładane są środki wabiące, a zwabione tam szkodniki są niszczone, oraz chemicznie – uprawę trzeba opryskać roztworem insektycydu.


Ważnym zagadnieniem jest również ochrona przed szkodnikami pierwotnymi (liściożernymi), takimi jak brudnica mniszka, strzygonia choinówka, poproch cetyniak, boreczniki i zawodnica świerkowa. W tym celu prowadzone są różne prace prognostyczne, np. liczenie samic brudnicy mniszki podczas przejścia przez zagrożone drzewostany w czasie kulminacji rójki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników sosny czy świerka.

Starsze drzewostany iglaste narażone są na szkody od szkodników wtórnych (uszkadzających drewno) takich jak cetyńce, korniki i przypłaszczek granatek. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu, a w razie jego pozostawania w lesie w okresie wiosennym i letnim – korowaniem i wykładaniem pułapek wabiących.

Bardzo ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. Aby poprawić ich warunki bytowania, wywieszamy w lasach budki lęgowe. Zimą, gdy panują trudne warunki, dokarmiamy również ptaki na masową skalę.

Duże znaczenie gospodarcze mają szkody powodowane przez zwierzynę (jeleń, sarna, łoś, dzik), którym zapobiega się w uprawach przez grodzenie, smarowanie repelentami, zabezpieczanie plastikowymi tubami oraz palikowanie cennych gatunków, a w młodnikach głównie przez zabezpieczanie sosny osłonkami plastikowymi.

  Zagrożenia antropogeniczne

Lasy Nadleśnictwa Kudypy należą do obszaru II kategorii zagrożenia pożarowego. Największe natężenie występowania pożarów występuje wczesną wiosną, z powodu wypalania traw, oraz latem, ze względu na wysokie temperatury powietrza i niską wilgotność ściółki. Dopiero jesienią zagrożenie pożarowe znacznie się zmniejsza.  Straty powstałe w wyniku pożarów często są niewymierne. W płomieniach giną liczne gatunki fauny i flory łąkowej i leśnej, następuje zubożenie przyrody.

Bardzo ważnym czynnikiem kształtującym zagrożenie pożarowe w poszczególnych porach roku są warunki meteorologiczne, takie jak: opady atmosferyczne, prędkość i kierunek wiatru, natężenie promieniowania słonecznego, temperatury powietrza i wilgotności powietrza. W sezonie palności codziennie określany jest stopień zagrożenia pożarowego, podawany na godz. 9.00  i 13.00. Przy wystąpieniu 3 (najwyższego) stopnia zagrożenia pożarowego i utrzymującej się przez co najmniej pięć kolejnych dni wilgotności ścioły leśnej mierzonej o godz. 9.00  poniżej 10 proc. nadleśnictwo obligatoryjnie wprowadza zakaz wstępu do lasu.

Przez tereny leśne nadleśnictwa przebiegają ważne szlaki komunikacyjne – drogi krajowe i wojewódzkie oraz linie kolejowe, co przyczynia się do zwiększenia zagrożenia pożarowego.
Największe zagrożenie pożarowe na terenach leśnych spowodowane jest jednak nieprzestrzeganiem przepisów przeciwpożarowych przez ludzi przebywających w lesie. Z ustawy o lasach wynika m.in., że w lasach i 100 metrów od nich nie można używać otwartego ognia.
Dzięki obserwacji lasów z wieży przeciwpożarowej możemy bardzo szybko zlokalizować zagrożenie.
W okresie wiosenno-jesiennym w Nadleśnictwie uruchamiany jest punkt alarmowo-dyspozycyjny. Od rana do zachodu słońca specjalnie wyszkolony pracownik monitoruje zagrożenie pożarowe lasów i w razie wystąpienia pożaru podejmuje odpowiednie działania ratunkowe. W okresie wysokiego zagrożenia pożarowego organizowane są także patrole samochodowe. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest Leśna Baza Lotnicza ( Olsztyn-Dajtki) gdzie stacjonuje samolot patrolowo-gaśniczy pozostający do dyspozycji kierownictwa Lasów Państwowych oraz Komendy Wojewódzkiej PSP. Nadleśnictwo wyposażone jest też w sprzęt do gaszenia pożarów. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest sieć punktów czerpania wody oraz dojazdów pożarowych w celu zaopatrzenia wodnego samochodów gaśniczych. Posiadamy też dobrze zorganizowaną łączność bezprzewodową w celu szybkiego reagowania w przypadku wystąpienia pożaru.